Günəbaxan yağı düzgün şəraitdə saxlanılmadıqda pis nəticələr baş verə bilər.
Birincisi günəbaxan yağı dondurula və ya ümumiyyətlə temperatur dəyişikliklərinə məruz qala bilməz.
Günəbaxan yağının saxlanması üçün optimal temperatur +5 ilə +20 dərəcə arasındadır.
İkincisi, günəbaxan yağı qaranlıqda saxlanmalıdır. Çünki o işıqda oksidləşir.