O, 1907-ci ildə qədim zadəgan ailəsində anadan olub. Orta məktəbi bitirdikdən sonra hüquq təhsili alır. Gələcək qəsdin bir çox iştirakçılarından, o cümlədən fon Ştauffenberqdən fərqli olaraq əvvəldən nasizmə lənət edib. Onun uzaq qohumu olan general fon Treskov da müqavimət hərəkatında ən ideyalı antinasistlərdən biri idi. İkinci Dünya müharibəsi başlayanda Şlabrendorf orduya çağrıldı və təsadüfən fon Treskovun yavəri oldu.
1944-cü il iyulun 20-də baş verən uğursuz sui-qəsddən bir qədər sonra çoxları kimi fon Şlabrendorf da həbs edildi. Lakin gördüyü ağır işgəncələrə baxmayaraq, sui-qəsddə iştirakını etiraf etmədi və heç kəsi satmadı. Bununla belə məhkəmə qarşısına çıxarıldı.
Sui-qəsdlə bağlı məhkəmələrin çoxunu Xalq Məhkəməsinin sədri, əvvəllər kommunist, sonra nasist olmuş Roland Fraysler aparırdı. Onun üçün dəlil-sübutun elə də dəyəri yox idi və hamını edama məhkum edirdi. Şlabrendorfu da eyni aqibət gözləməsi şübhəsiz idi.
Lakin məhkəmə keçirilən gün, 1945-ci il fevralın 3-də Berlin ABŞ aviasiyasının güclü bombardmanına məruz qaldı. Fraysler stolun üzərindəki məxfi sənədləri topladığından sığınacağa getməyə gecikdi və üzərinə tir düşməsi nəticəsində öldü.
Şlabrendorfun işi hakim Vilhelm Kroneyə verildi, o isə Frayslerin tayl deyildi və dəlil yoxluğu səbəbindən müttəhimə bəraət verdi. Bununla belə, Şlabrendorf azadlığa buraxılmadı və savaşın sonuna qədər həbs düşərgəsində saxlanıldı.
O, Nürnberq məhkəməsində amerikalıların məsləhətçisi kimi çalışdı. Üzərindən 60 il keçəndən sonra məlum oldu ki, Nürnberqdə amerikalıların Katın cinayətini almanların əməli saymaqdan imtina etməsinin səbəbkarı məhz Şlabrendorf olub. O, 1943-cü ildə Katında aparılan ekshumasiya işlərində iştirak etmişdi və polşalı əsirləri sovetlərin güllələdiyindən əmin idi. Nasistlərin başqa cinayətləri haqqında ətraflı məlumat verən Şlabrendorfun Katını rusların törətməsi barədə söylədikləri amerikalılara inandırıcı göründü.
Hüquqşünas fəaliyyətini bərpa edə Fabian fon Şlabrendorf 1967-1975-ci illərdə Qərbi Almaniyanın Konstitusiya Məhkəməsinin hakimi oldu. 1980-ci ildə 73 yaşında Visbadendə vəfat etdi.